Осторожно, возможен спойлер:
Посередине киносюжета «Черепашки-ниндзя» разыскиваются четверо братьев-черепах: Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло. Они живут в канализации Нью-Йорка под наставлением своего учителя, крысы по имени Сплинтер. Черепахи обучены военным искусствам и стремятся защитить город от преступности, в частности от их заклятого врага - Шреддера, руководителя кланов ниндзя и главного антагониста.
События начинают разворачиваться, и иногда черепахи ненамеренно сталкиваются с категорией преступников, которые воруют людей для реализации в качестве рабов. Одновременно с этой угрозой в городе появляется таинственная девушка по имени Эйприл О’Нил, репортер, которая оказывается в центре событий. Она случайно попадает в неприятности, и черепахи решают ей помочь. В процессе они узнают, что Шреддер замышляет нечто большее, чем просто преступления, и им предстоит остановить его планы.
По ходу развития сюжета черепахи сталкиваются с различными препятствиями: внутренними конфликтами, разногласиями в подходах к борьбе с преступностью и личными страхами. Леонардо стремится быть лидером и защищать своих братьев, в то время как Рафаэль борется с агрессией и неуверенностью. Микеланджело, оставаясь более легкомысленным, старается поддерживать дух команды, а Донателло использует свои технические навыки для создания устройств, помогающих в борьбе с врагами. Но что скрывает следующий шаг, который черепахам предстоит предпринять, чтобы остановить Шреддера?
В ходе своих приключений черепахи находят новых союзников и сталкиваются с неожиданными врагами, начиная от мутантов и заканчивая ниндзя. Каждый из братьев проходит через испытания, которые помогают им узнать больше о себе и о том, что значит быть частью семьи. Инциденты между черепахами и их личные переживания становятся важной частью их пути. Как они справятся с угрозами, нависшими над их миром, и смогут ли они объединиться, чтобы преодолеть зло?